Pernajassa on kuusi peruskoulua. Isnäsin koulu ja Koskenkylän koulu ovat kunnan suomenkieliset koulut. Forsby skolanin, Haddom skolanin, Isnäs skolanin ja Kyrkoby skolanin opetuskieli on ruotsi.

Koskenkylän koulun esikoulu toimii Koskenkylän päiväkodissa. Isnäsin esikoululaiset on integroitu kouluun. Forsby skolanin esikoulu toimii koulussa. Haddom skolanin esikoulu toimii Kuggomin päiväkodissa ja Kyrkoby skolanin esikoulu Kirkonkylän päiväkodissa.

Oikeus koulukuljetukseen on esikouluoppilailla ja oppilailla vl. 1-3 koulumatkan ylittäessä 3 km ja vl. 4-6 koulumatkan ylittäessä 5 km.

Opetus luokille 7-9 tapahtuu Myllyharjun koulussa Loviisassa sekä Lovisanejdens högstadiumissa.

Lukuvuonna 2005-06 kunnallisia iltapäiväkerhoja toimii Haddomissa, Isnäsissä ja Kirkonkylässä.

Lukuvuoden 2006-2007 työajat